生命科学実験解析学 2007年6月22日 

データーベースの利用 (担当 三谷)

http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/K-medaka/index.html

 

A) 基礎知識と研究動向を知るためのサイト

1)                  DNA 関連の教育サイト

遺伝学電子博物館

http://www.nig.ac.jp/museum/msg.html

生命誌研究館

http://www.brh.co.jp/sitemap/

JST学習コンテンツ

http://www.jst.go.jp/data/m13.html

JSTサイエンスチャンネル

http://www.jst.go.jp/data/m14.html

NCBI Education

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html

DOLAN DNA LEARNING CENTER

http://www.dnalc.org/home.html

National Center for Human Genome Research (NCHGR) Education

National DNA Day: April 25, 2007

Life in the Lab

http://www.genome.gov/Education/

Learn. Genetics The University of Utah

http://learn.genetics.utah.edu/

 

 

2)                  最新のトピックスを知るために

バイオ系ポータルサイト 

Nature

http://www.natureasia.com/japan/

Science

http://sciencenow.sciencemag.org/

                                           http://medical.tanabe.co.jp/public/science/index_science.shtml

 

3)                           英語用語解説 データベースリンク集

スペースアルク

http://www.alc.co.jp/

ライフサイエンス辞書

http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/index.html

Jabion 日本語バイオポータルサイト

http://www.bioportal.jp/

生物学分野のウィキポータル     ウィキペディア(Wikipedia)。

http://ja.wikipedia.org/wiki/Portal:%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6

 

4)                  求人 BIOMALL

Biotechnology Japan

http://biotech.nikkeibp.co.jp/BIO.shtml

JREC-IN(研究者人材データベース)

http://jrecin.jst.go.jp/

 

5)                  科研費関連情報

文部科学省

http://www.mext.go.jp/

特定領域リンク集

http://www.mext.go.jp/a_menu/shinkou/hojyo/020804.htm

日本学術振興会

http://www.jsps.go.jp/

科学技術振興機構

http://www.jst.go.jp/index.html

 

B)研究に利用できるツール

1)       解析ツール

研究留学ネット

http://www.kenkyuu.net/index.html

http://www.yk.rim.or.jp/~aisoai/molbio-j.html

NCBI TOOLS

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Tools/

DDBJ 検索・解析サービス

http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-j.html

 

 

2)                           モデル生物の情報

SHIGEN (Shared Information of Genetic resources)

http://www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm

国内の生物遺伝資源情報データベース

http://shigen.lab.nig.ac.jp/shigen/about/database.jsp

SHIGEN WGR (Worldwide Genetic Resources)

http://shigen.lab.nig.ac.jp/wgr/top/top.jsp

 

A Large Scale Mutagenesis Project in Riken GSC

http://www.gsc.riken.go.jp/Mouse/

GOD FATHER マウス学術系統名の作成支援ツール

http://www.shigen.nig.ac.jp/tools/godfather/index.jsp

 

日本の遺伝資源提供サイト 生物を入手するサイト

http://shigen.lab.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp

http://www.nbrp.jp/index.jsp

 

The Arabidopsis information Resouces

http://www.arabidopsis.org/

CyanoBase

http://www.kazusa.or.jp/cyano/

SGD Saccharomyces cerevisiae genome database

http://www.yeastgenome.org/

 

 

培養細胞を入手するサイト

ATCC (American Type Culture Collection:The Global Bioresource Center)

http://www.atcc.org/Home.cfm


Entrez データーベースの利用 (キーワードで総合的な情報を得る方法)

 

提供者

 アメリカ国立医学図書館のNCBI (National Center for Biotechnology Information )

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Entrez ( cross-database search page )

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi

help

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/helpdoc.html

tutorial         http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/tutor.html

Advanced Entrez Searching - Advanced searching techniques for Web Entrez.

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html

 

関連サイト

ゲノムネットWWW  http://www.genome.jp/Japanese/

DDBJサイトマップ  http://www.ddbj.nig.ac.jp/DDBJ_site-j.html

ヒト遺伝子関連データベース

HGMD (Human Gene Mutation Database)

ヒト遺伝病関連遺伝子に関する突然変異データベースを集めたリンク集

http://www.hgmd.org/

GeneCards: human genes, proteins and diseases

ヒト遺伝病関連遺伝子を含む遺伝子の機能や構造などの情報や他のデータベースへのリンク

http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/index.shtml

 

 

1) Entrez Input examples

Records containing the words zinc and finger that are of human origin but not on chromosome 19:

zinc finger NOT 19[chr] AND "Homo sapiens"[orgn]

Genes with a symbol starting with smt

smt*[sym]

 

 


 

 

Scenario  キーワードで情報を調べる

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi

1) input      Medaka                            メダカの系統学上の定義を調べる

Taxonomy: organisms in GenBank

2) input      [nosebleed]                                           一般語から専門用語を調べる

MeSH: detailed information about NLM's controlled vocabulary

Epistaxis ......... link Pubmed

3) input        Epistaxis..........             ある言葉に関係するタンパク質を調べる

Protein: sequence database

 

 

○遺伝子に関する情報を収集する。

 

1) input        [XRCC4]                                              遺伝子に関連する研究を調べる

Books: online books                                                本の記載を調べる

genomes2

PubMed: biomedical literature citations and abstracts

PubMed Central:            links  full text 関連最新論文を調べる

OMIM: online Mendelian Inheritance in Man........

*194363                            locus     OMIMでの表記を調べる

 

iHopInformation Hyperlinked over Proteins.で遺伝子の情報を得る。

http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/

HGMD (Human Gene Mutation Database)

ヒト遺伝病関連遺伝子の突然変異を収集したデータベース。個々の遺伝子に関する突然変異データベースを集めたリンク集で調べる。

http://www.hgmd.org/

GeneCards: human genes,proteins and diseases

ヒト遺伝病関連遺伝子を含む10000以上の遺伝子が登録されている。遺伝子の機能や構造などの情報や他のデータベースへのリンク集で調べる。

http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/

 

 

2) input [p53                                                               遺伝子配列に関する情報を集める

Nucleotide: sequence database (GenBank)

Gene: gene-centered information

UniGene: gene-oriented clusters of transcript sequences

Genome: whole genome sequences

CDD: conserved protein domain database

3D Domains: domains from Entrez Structure

Structure: three-dimensional macromolecular structures

UniSTS: markers and mapping data

SNP: single nucleotide polymorphism

GeneTests 遺伝子診断のDB, Links

GEO Profiles: expression and molecular abundance profiles

HomoloGene: eukaryotic homology groups      

Cancer Chromosomes: cytogenetic databases

 

3) Input [drd4]

GENSAT: gene expression atlas of mouse central nervous system

 

その他の文献検索法

東京大学附属図書館

http://www.lib.u-tokyo.ac.jp/

GaCoS

http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/

チュートリアル

http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/tutorial/