生命科学実験解析学 2007年6月22日
データーベースの利用 (担当 三谷)
http://park.itc.u-tokyo.ac.jp/K-medaka/index.html
A) 基礎知識と研究動向を知るためのサイト
1) DNA
関連の教育サイト
遺伝学電子博物館
http://www.nig.ac.jp/museum/msg.html
生命誌研究館
JST学習コンテンツ
http://www.jst.go.jp/data/m13.html
JSTサイエンスチャンネル
http://www.jst.go.jp/data/m14.html
NCBI Education
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Education/index.html
DOLAN DNA LEARNING CENTER
http://www.dnalc.org/home.html
National Center for Human Genome Research
(NCHGR) Education
National DNA Day: April 25, 2007
Life in the Lab
http://www.genome.gov/Education/
Learn. Genetics The University of Utah
http://learn.genetics.utah.edu/
2) 最新のトピックスを知るために
バイオ系ポータルサイト
Nature
http://www.natureasia.com/japan/
Science
http://sciencenow.sciencemag.org/
http://medical.tanabe.co.jp/public/science/index_science.shtml
3)
英語用語解説 データベースリンク集
スペースアルク
ライフサイエンス辞書
http://lsd.pharm.kyoto-u.ac.jp/ja/index.html
Jabion 日本語バイオポータルサイト
生物学分野のウィキポータル ウィキペディア(Wikipedia)。
http://ja.wikipedia.org/wiki/Portal:%E7%94%9F%E7%89%A9%E5%AD%A6
4) 求人 BIOMALL
Biotechnology Japan
http://biotech.nikkeibp.co.jp/BIO.shtml
JREC-IN(研究者人材データベース)
5) 科研費関連情報
文部科学省
特定領域リンク集
http://www.mext.go.jp/a_menu/shinkou/hojyo/020804.htm
日本学術振興会
科学技術振興機構
http://www.jst.go.jp/index.html
B)研究に利用できるツール
1) 解析ツール
研究留学ネット
http://www.kenkyuu.net/index.html
http://www.yk.rim.or.jp/~aisoai/molbio-j.html
NCBI TOOLS
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Tools/
DDBJ 検索・解析サービス
http://www.ddbj.nig.ac.jp/searches-j.html
2)
モデル生物の情報
SHIGEN (Shared Information of Genetic resources)
http://www.shigen.nig.ac.jp/indexja.htm
国内の生物遺伝資源情報データベース
http://shigen.lab.nig.ac.jp/shigen/about/database.jsp
SHIGEN WGR (Worldwide Genetic Resources)
http://shigen.lab.nig.ac.jp/wgr/top/top.jsp
A Large Scale Mutagenesis Project in Riken GSC
http://www.gsc.riken.go.jp/Mouse/
GOD FATHER マウス学術系統名の作成支援ツール
http://www.shigen.nig.ac.jp/tools/godfather/index.jsp
日本の遺伝資源提供サイト 生物を入手するサイト
http://shigen.lab.nig.ac.jp/wgr/jgr/jgrUrlList.jsp
The Arabidopsis information Resouces
CyanoBase
http://www.kazusa.or.jp/cyano/
SGD Saccharomyces cerevisiae genome database
培養細胞を入手するサイト
ATCC (American Type Culture Collection:The
Global Bioresource Center)
Entrez データーベースの利用 (キーワードで総合的な情報を得る方法)
提供者
アメリカ国立医学図書館のNCBI (National
Center for Biotechnology Information )
Entrez (
cross-database search page )
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi
help
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/helpdoc.html
tutorial http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/tutor.html
Advanced Entrez Searching - Advanced searching
techniques for Web Entrez.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html
関連サイト
ゲノムネットWWW http://www.genome.jp/Japanese/
DDBJサイトマップ http://www.ddbj.nig.ac.jp/DDBJ_site-j.html
ヒト遺伝子関連データベース
HGMD
(Human Gene Mutation Database)
ヒト遺伝病関連遺伝子に関する突然変異データベースを集めたリンク集
GeneCards:
human genes, proteins and diseases
ヒト遺伝病関連遺伝子を含む遺伝子の機能や構造などの情報や他のデータベースへのリンク
http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/index.shtml
1) Entrez Input examples
Records containing the words zinc and finger that are
of human origin but not on chromosome 19:
zinc finger NOT 19[chr] AND "Homo sapiens"[orgn]
Genes with a symbol starting with smt
smt*[sym]
Scenario キーワードで情報を調べる
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi
1) input Medaka メダカの系統学上の定義を調べる
Taxonomy: organisms in GenBank
2) input [nosebleed] 一般語から専門用語を調べる
MeSH: detailed information about NLM's controlled
vocabulary
Epistaxis
......... link Pubmed
3) input
Epistaxis.......... ある言葉に関係するタンパク質を調べる
Protein: sequence database
○遺伝子に関する情報を収集する。
1) input
[XRCC4] 遺伝子に関連する研究を調べる
Books: online books 本の記載を調べる
genomes2
PubMed: biomedical literature citations and abstracts
PubMed Central: links full text 関連最新論文を調べる
OMIM: online Mendelian Inheritance in Man........
*194363 locus OMIMでの表記を調べる
iHop(Information
Hyperlinked over Proteins.)で遺伝子の情報を得る。
http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/
HGMD (Human
Gene Mutation Database)
ヒト遺伝病関連遺伝子の突然変異を収集したデータベース。個々の遺伝子に関する突然変異データベースを集めたリンク集で調べる。
GeneCards:
human genes,proteins and diseases
ヒト遺伝病関連遺伝子を含む10000以上の遺伝子が登録されている。遺伝子の機能や構造などの情報や他のデータベースへのリンク集で調べる。
http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/
2) input [p53 遺伝子配列に関する情報を集める
Nucleotide: sequence database (GenBank)
Gene: gene-centered information
UniGene: gene-oriented clusters of transcript sequences
Genome: whole genome sequences
CDD: conserved protein domain database
3D
Domains: domains from Entrez Structure
Structure: three-dimensional macromolecular structures
UniSTS: markers and mapping data
SNP: single nucleotide polymorphism
GeneTests 遺伝子診断のDB, Links
GEO
Profiles: expression and molecular
abundance profiles
HomoloGene: eukaryotic homology groups
Cancer
Chromosomes: cytogenetic
databases
3)
Input [drd4]
GENSAT: gene expression atlas of mouse central nervous
system
その他の文献検索法
東京大学附属図書館
GaCoS
http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/
チュートリアル
http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/tutorial/