生命科学実験解析学 ２００７年６月２９日
文献検索法
http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/tutorial/
OPAC
https://opac.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/opac/basic-query?mode=2
例
電気泳動／江上信雄に関する本を探して借りる．学外のどこにあるかを調べる
電子ブックを読む
http://www.lib.u-tokyo.ac.jp/koho/guide/ebook.html
Ovid medline
http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/
web of
knowledge
web of
Science
sox9に関する論文と総説を調べる
http://portal.isiknowledge.com/portal.cgi?DestApp=WOS&Func=Frame
年代順に並べる
被引用数でならべる
Scenario マウスのsox9 という名前の遺伝子を他生物と比較する
系統樹を作るまで
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi
１）マウスのsox9 遺伝子（cDNA配列）をNCBIから入手する
Entrez
input [sox9 and mouse]
nucleotide
２）マウスのsox9 遺伝子の登録が多数なのでunigineからマウスの遺伝子を調べる
unigene......... 1: Mm.286407
３）発現情報を入手する
Expression
Profile:
Gene........Sox9
遺伝子に関する文献はONIM iHop GeneCard などでも調べられる。
先週紹介
４）マウスのsox9
遺伝子配列をFasta 形式で入手する
NM_011448 display fasta send this page to text
問い合わせ配列形式
cDNAからORFを探す．
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html
http://www.ebi.ac.uk/emboss/transeq/
５）sox9と定義されているタンパク質配列をmulti fasta形式にする。
text file (特定の文字以外、数字と空白は無視される。全角はダメ)
IDやファイルを参照することも可能
http://www.ebi.ac.uk/emboss/transeq/
6）得られた配列と相同性の高い他生物種のcDNA配列を調べる
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
各種の検索方法があるので注意
参照配列の注意 ベクター配列・繰り返し配列・遺伝子ファミリー
7) 自分の調べたい生物のESTデータから配列の類似したものを探す。
http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/
8）multi fasta形式アミノ酸配列から系統樹を作成する
http://evolgen.biol.metro-u.ac.jp/MEGA/
9)ヒトsox9タンパク質のモチーフを探す．
．
Scenario
○ ヒトsox9 遺伝子のゲノム構造を他生物と比較する
1）USCS genome bioinformatics でsox9をキーワードで調べる。http://genome.ucsc.edu/index.html?org=Human&db=hg17&hgsid=42565596
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
他種との比較により保存領域を探す．
2) sox9遺伝子のマウスゲノム情報を検索する
http://www.ensembl.org/index.html
select
mouse and make blast search using mouse sox9 cDNA sequence
相同性の一番高い部分を拡大表示する
ContigView
sox9遺伝子のフグゲノム情報を検索する
Fugu
blast to cDNA
フグのsox9近傍の予測ゲノム配列を入手する
3)
sox9近傍遺伝子の構造を予測する
genescan
http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
ヒトのアミノ酸配列を参照してcDNA予測をたてる．
wise2
http://www.ebi.ac.uk/Wise2/index.html
ヒトのsox9ゲノム領域とフグのsox9ゲノム領域を比較して似ている所を調べる
Vista
http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml
4）上流域の配列を取ってきて転写調節因子の結合部位を探す．
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess?RQ=WELCOME
その他のデーターベース
1) GDB
遺伝子地図のデータベース。
4) HOWDY(ヒトゲノム情報統合データベース)
http://www-alis.tokyo.jst.go.jp/HOWDY/
科学技術振興事業団が開発したヒトゲノム情報の統合データベース。
9) マウス、ラットのゲノムデータベース
Mouse Genome
Informatics (Jackson Lab.)
http://www.informatics.jax.org/
FANTOM（理研）
http://www.gsc.riken.go.jp/e/FANTOM/
RatMAP
蛋白質データベース
uniprot
Kegg
Sosui
タンパク質の親水性疎水性部位を調べる
http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/
NetNGlyc
タンパク質のN-Glycosylation
sites を調べる
http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/
生命科学実験解析学データーベースの利用 レポート課題
今回の講義で紹介したサイトで新たに存在を知った３つについて、その概要と実際に使った感想をまとめよ。来年度講義で紹介する生命科学関連サイトを一つ探して、その利用法の概要と推薦理由を述べよ。
８月１5日までに プリントアウトを生命棟事務室に提出