生命科学実験解析学
データベースの利用２ （担当 三谷）
1)
文献検索法
オンライン・チュートリアル
Gacos:
Gateway to Academic Contents Sysytem
http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/
http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/tutorial/
シナリオ#1
キーワードで文献を探す．
例 mouse
cancer apoptosis radiation DNA repair Japan
PubMedの使い方
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?db=PubMed
http://www.mnc.toho-u.ac.jp/mmc/pubmed/index.htm
Ovid
medline
http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/
東京大学学術論文横断検索（UT
Article Search）
http://vs2ga4mq9g.cs.serialssolutions.com/
Web of
Science
引用文献が多い文献
被引用回数の多い文献
研究動向を知るためには？
著者の業績をみる
論文以外の情報を知る
Google
Book
Google
Scholar
http://scholar.google.co.jp/schhp?hl=ja
2)遺伝子に関する情報を収集する。
2-1）キーワードで遺伝子を探す
例）mouse
cancer apoptosis radiation DNA repair Japan
Entrez
データーベースの利用
アメリカ国立医学図書館のNCBI
(National Center for Biotechnology
Information )
Entrez (
cross-database search page )
help
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/helpdoc.html
tutorial
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/tutor.html
NCBIゲノム解析ルールリンク集
http://www-bird.jst.go.jp/minicourses/
Advanced
Entrez Searching - Advanced searching techniques for
Web Entrez.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html
キーワードに関連のある遺伝子名を選ぶ
ヒトゲノム上で位置する場所
タンパク質の機能
遺伝子の別名
遺伝子の変異に関連した表現型
遺伝子の選択的スプライス転写産物
塩基置換→SNP:GeneView SNPreport
OMIM
関連サイト
ゲノムネットWWW
http://www.genome.jp/Japanese/
DDBJサイトマップ
http://www.ddbj.nig.ac.jp/DDBJ_site-j.html
Bioinformatic
Harvester at EMBL ヒト、マウス、ショウジョウバエ、ゼブラフィッシュに関する遺伝子の情報
http://harvester.fzk.de/harvester/
iHop（Information
Hyperlinked over Proteins.）で遺伝子の文献情報を得る。High
impact Journal
http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/
HGMD
(Human Gene Mutation Database)
ヒト遺伝病関連遺伝子の突然変異を収集したデータベース。個々の遺伝子に関する突然変異データベースを集めたリンク集で調べる。
GeneCards:
ヒト遺伝病関連遺伝子を含む１００００以上の遺伝子が登録されている。遺伝子の機能や構造などの情報や他のデータベースへのリンク集で調べる。
http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/
シナリオ#2
2-2）遺伝子名から情報を集めてゲノムの構造を知る。
例）遺伝子名sox9と定義されているタンパク質配列をEntrezからmulti
fasta形式にとる。text
file (特定の文字以外、数字と空白は無視される。全角はダメ)
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html
真核生物ホモログ→Homologene→"Alignment
Scores"→Blast"
タンパク質→Blinkリンクを選択して類似したタンパク質
得られた配列と相同性の高い他生物種のcDNA配列を調べる
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
blastn cDNA
参照配列の注意 ベクター配列・繰り返し配列・遺伝子ファミリー
Gene
Index
生物種ごとのESTデータベース
http://compbio.dfci.harvard.edu/tgi/tgipage.html
ClustalW
multi fasta形式アミノ酸配列から系統樹を作成する
vista
http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml
Ensemblでsox9遺伝子近傍のゲノム領域を調べる。
http://www.ensembl.org/index.html
sox9遺伝子のフグゲノム情報を検索する
フグのsox9近傍の連続したゲノム配列を入手する
USCS
genome bioinformatics でsox9遺伝子近傍のゲノム領域を調べる。ゲノムの保存領域を調べる
フグのゲノム配列とヒトのタンパク質配列から自分でsox9遺伝子の構造を予測する
genescan（ゲノム配列から自動的に遺伝子領域を予測する）
http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
wise2（ゲノム配列と参照アミノ酸配列とから遺伝子構造を予測する）
http://www.ebi.ac.uk/Wise2/index.html
GenomeMatcher（ゲノム領域を比較する）
http://www.ige.tohoku.ac.jp/joho/gmProject/gmhomeJP.html
遺伝子の上流域に転写調節モチーフを探す。
TFBIND
TESS :
Transcription Element Search System
http://www.cbil.upenn.edu/cgi-bin/tess/tess
PCRプライマーを設計する
Primer3
http://fokker.wi.mit.edu/primer3/input.htm
Web
Primer
http://seq.yeastgenome.org/cgi-bin/web-primer
Primer
Bank(データベースにあるヒトとマウスのプライマー配列を捜す．)
http://pga.mgh.harvard.edu/primerbank/
USCS
genome bioinformatics
3）その他のゲノムデーターベース
MEDALS（経済産業省統合データベースポータルサイト）
HOWDY(科学技術振興事業団が開発したヒトゲノム情報の統合データベース。)
http://www-alis.tokyo.jst.go.jp/HOWDY/
FANTOM（理研 cDNAの統合データベース）
http://www.gsc.riken.go.jp/e/FANTOM/
RatMAP(rat
genome の統合データベース)
MFOLD(DNA、RNAの高次構造予測)
http://mfold.bioinfo.rpi.edu/cgi-bin/rna-form1.cgi
http://mfold.bioinfo.rpi.edu/cgi-bin/dna-form1.cgi
3）蛋白質関係データベース
Swiss-Prot Protein
knowledgebase
Kegg（遺伝子とタンパク質の統合データベース）
uniprot
(タンパク質の統合データベース)
Eukaryotic
Linear motif resource for functional sites in proteins
MOTIF
Search（タンパク質のモチーフを捜す）
XPSSS(Protein
Structure Search Service)
http://pdbjs3.protein.osaka-u.ac.jp/xPSSS/index.html
MPDB
(membrane proteins database)
Sosui(タンパク質の疎水性と親水性の領域を予測)
http://bp.nuap.nagoya-u.ac.jp/sosui/
Prediction
of transmembrane helices in
proteins
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
NetNGlyc
The
NetNglyc server predicts N-Glycosylation sites in human proteins using artificial
neural networks that examine the sequence context of Asn-Xaa-Ser/Thr sequens.
http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/
GeneSilico Metaserver （高次構造予測の統合データベース）
BRENDA
(The Comprehensive Enzyme Information System)
http://www.brenda-enzymes.info/
BioBase
http://www.biobase.de/pages/index.php?id=300
YEAST
GFP FUSION LOCALIZATION DATABASE
GFP-cDNA (Homepage of the GFP-cDNA
Localisation Project)
SUBA
II
http://www.plantenergy.uwa.edu.au/suba2/
eSLDB(Eukaryotic
Subcellular Localization DataBase)
http://gpcr2.biocomp.unibo.it/esldb/search.htm
LOCATE
(Subcellular Localization
Database)