生命科学実験解析学 平成１６年7月７日
文献検索法
http://www.dl.itc.u-tokyo.ac.jp/gacos/tutorial/
Ovid medline
http://www.lib.m.u-tokyo.ac.jp/
Entrez データーベースの利用
提供者
アメリカ国立医学図書館のNCBI (National
Center for Biotechnology Information )
Entrez (
cross-database search page )
help
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/query/static/help/helpdoc.html
tutorial http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/tutor.html
Advanced Entrez Searching - Advanced searching
techniques for Web Entrez.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Database/index.html
ゲノムネットWWW http://www.genome.jp/Japanese/
DDBJサイトマップ http://www.ddbj.nig.ac.jp/DDBJ_site-j.html
Entrez Input 例
Field description
Records containing the words zinc and finger that are of
human origin but not on chromosome 19:
zinc finger NOT 19[chr] AND "Homo sapiens"[ORGN]
Records containing the word xenopus created between
February 5, 2004 and February 12, 2004:
2004/2/5:2004/2/12[edat] AND xenopus[ORGN]
Symbol starting with smt
smt*[sym]
Genes mapped to Arabidopsis thaliana chromosome 3 that
have orthologs reported in HomoloGene
arabidopsis thaliana[ORGN] AND 3[chr]
Scenario
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/gquery.fcgi
1) input Medaka
Taxonomy: organisms in GenBank
2) input [nosebleed]
MeSH: detailed information about NLM's controlled
vocabulary
Epistaxis
......... link Pubmed
3) input
Epistaxis..........
Protein: sequence database
○遺伝子に関する情報を収集する。
1) input
[XRCC4]
Books: online books
genomes2
PubMed: biomedical literature citations and abstracts
PubMed Central: links full text
OMIM: online Mendelian Inheritance in Man........
*194363 locus
2) input [p53]
Nucleotide: sequence database (GenBank)
Gene: gene-centered information
UniGene: gene-oriented clusters of transcript sequences
Genome: whole genome sequences
CDD: conserved protein domain database
3D
Domains: domains from Entrez Structure
Structure: three-dimensional macromolecular structures
UniSTS: markers and mapping data
SNP: single nucleotide polymorphism
GeneTests 遺伝子診断のＤＢ, Links
GEO
Profiles: expression and molecular
abundance profiles
HomoloGene: eukaryotic homology groups
Cancer
Chromosomes: cytogenetic
databases
iHop（Information
Hyperlinked over Proteins.）で遺伝子の情報を得る。
http://www.ihop-net.org/UniPub/iHOP/
3)
Input [drd4]
GENSAT: gene expression atlas of mouse central nervous
system
○ sox9 遺伝子に関する情報とゲノム構造について調べる
１）マウスのsox9 遺伝子（cDNA配列）を入手する
Entrez
input [sox9 and mouse]
nucleotide
２）マウスのsox9 遺伝子の登録が多数なのでunigineから調べる
unigene......... 1: Mm.286407
３）発現情報を入手する
Expression
Profile:
Gene........Sox9
４）マウスのsox9
遺伝子配列をFasta 形式で入手する
NM_011448 display fasta send this page to text
問い合わせ配列形式
５）sox9について詳細に情報を集める。
HGMD (Human
Gene Mutation Database)
ヒト遺伝病関連遺伝子の突然変異を収集したデータベース。個々の遺伝子に関する突然変異データベースを集めたリンク集で調べる。
GeneCards:
human genes,proteins and diseases
ヒト遺伝病関連遺伝子を含む１００００以上の遺伝子が登録されている。遺伝子の機能や構造などの情報や他のデータベースへのリンク集で調べる。
http://bioinformatics.weizmann.ac.il/cards/
６）sox9と定義されているタンパク質配列をmulti fasta形式にまとめる
text file (特定の文字以外、数字と空白は無視される。全角はダメ)
IDやファイルを参照することも可能
multi fasta形式アミノ酸配列から系統樹を作成する
７）得られた配列と相同性の高い他生物種のcDNA配列を調べる
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/
blastn
cDNA
参照配列の注意 ベクター配列・繰り返し配列・遺伝子ファミリー
vista
http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml
8）USCS genome bioinformatics で調べる。http://genome.ucsc.edu/index.html?org=Human&db=hg17&hgsid=42565596
http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgBlat
http://www.tigr.org/tdb/tgi/index.shtml
9) sox9遺伝子のマウスゲノム情報を検索する
http://www.ensembl.org/index.html
select
mouse and make blast search using mouse sox9 cDNA sequence
相同性の一番高い部分を拡大表示する
ContigView
sox9遺伝子のフグゲノム情報を検索する
Fugu
blast to cDNA
フグのsox9近傍の連続したゲノム配列を入手する
scaffold_421
sox9近傍の遺伝子を予測する
genescan
http://genes.mit.edu/GENSCAN.html
wise2
http://www.ebi.ac.uk/Wise2/index.html
Vista
http://genome.lbl.gov/vista/index.shtml
sox9遺伝子のメダカゲノム情報を検索する
http://pre.ensembl.org/Oryzias_latipes/index.html
http://dolphin.lab.nig.ac.jp/medaka/
Genome
Browser
Online
Mapping