東海型 SE
| No | 地名 | 読み方 | 採集年月 | 採集場所 | 採取当時の地形
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| 11 | 気仙沼 | けせんぬま | 1980年5月 | 宮城県気仙沼市階上 |
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| 9 | 一関 | いちのせき | 1980年5月 | 岩手県一関市赤荻 | 水田用水
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| 12 | いわき | いわき | 1980年5月 | 福島県いわき市平藤間 |
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| 13 | 瓜連 | うりづら | 1979年8月 | 茨城県那珂郡瓜連町鹿島 | 水田用水
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| 18 | 壬生 | みぶ | 1980年6月 | 栃木県下都賀郡壬生町今井 |
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| 20 | 佐倉 | さくら | 1979年8月 | 千葉県佐倉市荻山 | 水田用水
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| 105 | 小林牧場 | こばやしぼくじょう | 1994年6月 | 千葉県印旛郡印西町 |
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| 75 | 東京 | とうきょう | 1984年 | 東京都北区神谷町 |
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| 73 | 豊田 | とよた | 1985年5月 | 長野県下水内郡豊田村上今井 |
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| 27 | 大町 | おおまち | 1980年10月 | 長野県大町市中綱 | 農業用水
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| 26 | 諏訪 | すわ | 1980年10月 | 長野県諏訪市長崎 | 農業用水
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| 79 | 小淵沢 | こぶちさわ | 1985年7月 | 山梨県北巨摩郡小渕沢町 | スズラン池
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| 74 | 飯田 | いいだ | 1985年6月 | 長野県飯田市南原 |
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| 21 | 小田原 | おだわら | 1979年8月 | 神奈川県小田原市桑原 | 水田用水
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| 22 | 三島 | みしま | 1979年7月 | 静岡県三島市玉川 | 水田用水
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東海型II黄 北九州型SKN
| No | 地名 | 読み方 | 採集年月 | 採集場所 | 採集地の地形
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| 23 | 静岡 | しずおか | 1979年8月 | 静岡県静岡市大谷 |
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| 24 | 磐田 | いわた | 1980年4月 | 静岡県磐田市二ノ宮 |
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| 25 | 小坂井 | こさかい | 1979年11月 | 愛知県宝飯郡小坂井町小坂井 |
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| 28 | 長島 | ながしま | 1981年春夏 | 三重県桑名郡長島町鎌ケ地 |
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| 93 | 新宮 | しんぐう | 1985年9月 | 和歌山県新宮市佐野 |
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| 62 | 高知 | こうち | 1983年5月 | 高知県高知市 |
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| 37 | 御荘 | みしょう | 1981年8月 | 愛媛県南宇和郡御荘町節崎 |
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| 66 | 延岡 | のべおか | 1983年6月 | 宮崎県延岡市無鹿町 |
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| 106 | 玖珠 | くす | 1996年10月 | 大分県玖珠郡玖珠町大字綾垣字小城 |
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| 107 | 岡谷 | おかや | 1999年8月 | 長野県岡谷市今井 |
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| 102 | 芦辺 | あしべ | | 長崎県（壱岐島） |
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| 103 | 福江 | ふくえ | | 長崎県（五島列島） |
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| 46 | 久山 | ひさやま | 1981年6月 | 福岡県糟屋郡久山町山田 |
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| 72 | 有田 | ありた | 1984年10月 | 佐賀県有田郡有田町 |
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西南九州型SKS 琉球型SR 瀬戸内型SI
| No | 地名 | 読み方 | 採集年月 | 採集場所 | 採集地の地形
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| 48 | 加津佐 | かづさ | 1979年9月 | 長崎県南高来郡加津佐町道原 | 水田用水
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| 64 | 出水 | いずみ | 1983年3月 | 鹿児島県出水市江内 |
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| 50 | 樋脇 | ひわき | 1980年10月 | 鹿児島県薩摩郡樋脇町藤本 |
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| 51 | 喜界 | きかい | 1981年3月 | 鹿児島県大島郡喜界町大朝戸 | 人家の池（旧水田）
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| 52 | 名護 | なご | 1980年10月 | 沖縄県名護市田井等 | 農業用水
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| 53 | 具志頭 | ぐしかみ | 1981年3月 | 沖縄県島尻郡具志頭村大頓 | サトウキビ畑の農業用水
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| 31 | 綾部 | あやべ | 1980年8月 | 京都府綾部市中筋 | 水田用水
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| 32 | 神戸 | こうべ | 1980年9月 | 兵庫県神戸市垂水区伊川谷町 | 小河川（明石川）白水橋下
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| 91 | 河合 | かわい | 1985年9月 | 奈良県北葛城郡河合町佐味田 | 小川
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| 30 | 田辺 | たなべ | 1979年8月 | 和歌山県田辺市元町 | 水田用水
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| 76 | 邑久 | おく | 1978年10月 | 岡山県邑久郡邑久町福谷 |
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| 33 | 岡山 | おかやま | 1979年9月 | 岡山県岡山市楢津 | 水田用水
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| 99 | 賀陽 | かよう | 1986年4月29日 | 岡山県上房郡賀陽町山田 | 水田用水
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| 34 | 徳島 | とくしま | 1980年5月 | 徳島県徳島市国府 | 水田用水
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瀬戸内型II 山陰型SE
| No | 地名 | 読み方 | 採集年月 | 採集場所 | 採集地の地形
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| 94 | 高松 | たかまつ | 1985年 | 香川県高松市 |
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| 97 | 哲西 | てっせい | 1986年4月29日 | 岡山県阿哲郡哲西町鯉ヶ窪 | 湿地の沼
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| 96 | 三次 | みよし | 1986年4月26日 | 広島県三次市 | 水田用水
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| 36 | 松山 | まつやま | 1979年 | 愛媛県松山市道後 | 城の堀
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| 44 | 下松 | くだまつ | 1981年10月 | 山口県下松市恋ヶ浜 | 農業用水（溝）
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| 80 | 山口 | やまぐち | 1985年6月 | 山口県山口市吉田 | 池
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| 45 | 山陽 | さんよう | 1981年10月 | 山口県厚狭郡山陽町山川 | 水田用水
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| 87 | 香住 | かすみ | 1985年8月 | 兵庫県香住町 |
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| 89 | 岩美 | いわみ | 1985年 | 鳥取県岩美町 |
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| 38 | 鳥取 | とっとり | 1980年5月 | 鳥取県鳥取市小山 |
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| 39 | 松江 | まつえ | 1980年5月 | 島根県松江市八幡町 |
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| 41 | 都万 | つま | 1980年5月 | 島根県隠岐郡都万村都万 |
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| 42 | 萩 | はぎ | 1981年10月 | 山口県萩市玉江 |
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解説解説
岩手県以南の本州の太平洋側、日本列島の鳥取県までの日本海側、九州および南西諸島に生息する南日本集団
（ミナミメダカ として北日本集団とは別種と扱う研究者もある）に属する系統のリストです。